小中村藤吉改め、初代 中村藤吉（約２年間は丸屋藤吉と名乗る）を名乗り正月吉日に、現本店の地にて茶商『中村藤吉商店』（屋号
まると）を創業。
その沿革は初代中村藤吉の両親が出会った文政2年、1819年にさかのぼります。
初代中村藤吉の父、六兵衛は、伏見の板金屋久兵衛の子として生まれますが、早くに茅葺き職人の小中村六衛門の養子となり、自身も茅葺き職人となります。
そして文政2年、宇治槙島農家 古島文右衛門の娘トサと結婚、長女ツルをはじめ二女三男5人の子供をもうけます。藤吉と名付けられた4番目の子供（次男）が後に中村藤吉を名乗り、茶商を創業することになります。
初代 中村藤吉
天保3年(1832年)11月10日
父 小中村六兵衛、母 中村トサの第4子として生まれる。天保13年頃 丁稚として星野宗以の元で修行を始める。
天保16年頃 若くして手代となる。
安政元年(1854年)正月吉日 茶商 中村藤吉を創業。
明治29年(1896年)6月8日没
興り
1854安政元年
中村藤吉を創業
1870明治三年頃
山陰地方に、米子支店、松江支店を開店
明治～大正時代 製造風景
1895明治二十八年
多数の名誉金銀銅牌を受賞
第4回内國勧業博覧会にて一等賞其の他各地品評会及び博覧会において多数の名誉金銀銅牌を受賞。
1912大正元年
3代目中村藤吉（卯吉）宇治町の町長に就任
1913大正二年
抹茶挽臼の電動化に成功
抹茶挽臼の電動化に成功、11月29日 登録専売特許 第二五〇二八号 中村式挽茶機械（現在の機械の原型）として登録を受ける。
登録専売特許 第二五〇二八号 中村式挽茶機械
1915大正四年
大正天皇御大典に際して御茶献納
大正時代 荷造り風景
1928昭和三年
昭和天皇の御即位に際し、御濃茶『千代昔』を献上 御買上げ賜る
昭和時代 昭和天皇陛下への献上御茶採取風景
1939昭和十四年
京都府立茶業研究所、育成品種の玉露用品種『きょうみどり』、碾茶、玉露用品種『うじひかり』となる
本府特産の玉露、碾茶、煎茶用の優良品種の選抜育成の為、106株が選抜、自園より樹齢100年の2株が選抜され、現在の京都府立茶業研究所、育成品種の玉露用品種『きょうみどり』、碾茶、玉露用品種『うじひかり』となる。
1949昭和二十四年
法人組織に改め、
株式会社 中村藤吉本店と称す
1951昭和二十六年
第1回宇治茶祭りに於いて、裏千家淡々斎 御家元より薄茶『浮島の白』、濃茶『園の昔』の茶銘を頂戴する
1980昭和五十五年
裏千家 鵬雲斎 御家元より 薄茶『藤の白』濃茶『祥の昔』の茶銘を頂戴する。
初代が三室戸寺の末寺に住む茶人より譲り受け店内の中庭に移築した茶室『瑞 松 庵』（元禄時代の建物）を解体修復
1994平成六年
平安建都1200年を記念し当家秘伝の合組（ブレンド）茶『中村茶』の販売を始める
1998平成十年
永年の試作を重ね、ワッフルコーンに抹茶ソフトクリームを入れ、小豆と白玉をトッピングしスプーンで食べる、『うじきんソフト』の販売を開始。
抹茶の生チョコレート『ちゃこれーと』販売開始
抹茶の生チョコレートを『ちゃこれーと』と名付け販売開始。テレビ、雑誌、新聞などで好評を得る。
2001平成十三年
甘味などが味わえるオープンテラスを設けた『喫茶室』開店
明治・大正時代の製茶工場を、建物の構造には手を加えず、柱や梁もそのまま残し、現代風に改修した、各種銘茶・甘味などが味わえるオープンテラスを設けた『喫茶室』を6月1日に開店し、地元および観光客の方々に初年度より好評を得る。
本店生茶ゼリイ
2003平成十六年
『生茶ゼリイ・抹茶』を5月より全国発 送開始、好評を得る
2006平成十八年
『迎鶴楼』の外観はそのままに、『中村藤吉 平等院店』開店
宇治川を望み・世界遺産『平等院』の近くで多くの文人・墨客・政財界の方たちに愛された旅館『菊屋萬碧楼』を改修。
初代内閣総理大臣伊藤博文命名の『迎鶴楼』の外観はそのままに内装のみをモダンに改装し、4月1日に『中村藤吉 平等院店』として開店する。
旧平等院店 店内
2008平成二十年
スバコ・ジェイアール京都伊勢丹3階に『中村藤吉 京都駅店』を2月13日に開店
2009平成二十一年
宇治の重要文化的景観に、『中村藤吉本店』『中村藤吉 平等院店（旧菊屋萬碧楼）』が選定される。
2012平成二十四年
阪急うめだ本店B1階に、『中村藤吉 大阪店』を10月25日に開店
2013平成二十五年
新本社工場完成、本社機能及び、製造・物流機能を移転。
2014平成二十六年
重要文化的景観保存事業に伴い、明治29 年築の本店、旧焙炉場を修理改修
2014年4月完成。
審査場
2017平成二十九年
4月20日、GINZA SIX 4階に 『中村藤吉 銀座店』開店
本店敷地内の大正時代の庭園が、京都府指定等文化財に指定される。
2018平成三十年
11月28日、ジェイアール京都伊勢丹 地下1階に『ジェイアール京都伊勢丹店』開店
2021令和三年
1月21日、約20年ぶりに本店の喫茶室をリニューアルオープン
6月18日、大丸京都店の地下1階食品フロア『ごちそうパラダイス』に、『中村藤吉 大丸京都店』開店
2022令和四年
9月16日、2006年のオープン以来、平等院店初の大規模改修を行い、セルフカフェとしてリニューアルオープン
重要文化的景観
文化的景観とは、人々の生活や生業または、自然風土の中で、長年かけてかたち作られてきた風景をいいます。
｢文化的景観 (Cultural Landscape) ｣は、すでにユネスコの世界遺産条約に導入されている世界的な価値基準です。
日本においても2004年の文化財保護法の改正にともない、新たな文化財の種類に位置づけられ、特に重要な景観地を｢重要文化的景観｣として文部科学大臣が選定する制度が整えられました。いわば風土の重要文化財です。
「宇治市教育委員会資料”魅力ある風景を未来へ”一部抜粋」
2009年2月に、｢宇治の文化的景観｣が重要文化的景観に選定され、その中で、
【中村藤吉本店】･･･明治期の茶商屋敷の代表的な建物群として
【中村藤吉平等院店（旧菊屋萬碧楼）】･･･江戸期からの宇治を代表する料亭旅館菊屋の遺存建物として
それぞれの建造物群が、｢重要文化的景観｣に選定されました。